Kita bisa melihat setting kontroler pada menu options . meskipun game ini berbahasa jepang tetapi pengaturan isi game dan lainnya masih berbahasa inggris jadi kita bisa mengubahnya disini.

- Setelan Kontroler Secara umum atau setelan default nya

- Kotak (□)       : berfungsi untuk menembak

- Lingkaran (O) : berfungsi untuk melemparkan Bomb

- Segitiga (△)    : menyerang dengan pisau

- Tombol X         : melompat

- Tombol R1 : berfungsi mengunci musuh saat kita menembak tidak berguna untuk senjata Sniper Rifle

- Tombol L1 : mengubah arah kamera

-  Tahan Tombol L2 dan tekan tombol Kotak (□) atau Lingkaran (O) :

 mengubah Bomb yang akan dipakai

- Tahan Tombol R2 dan tekan tombol Kotak (□) atau Lingkaran (O) : 

mengubah Senjata yang akan dipakai

Itulah sedikit informasi mengenai sistem Controller pada game Metal Slug 3D ini.